Algorithm 版 (精华区)

发信人: ssos (存在与虚无·格物致知), 信区: Algorithm
标  题: 生物信息学概论2
发信站: 哈工大紫丁香 (2002年04月26日22:03:40 星期五), 站内信件

第二章  信息网络
2.1 简介
本章介绍互联网(Internet)、万维网(World Wide Web, 简称WWW)以及世界各国生物信息
中心和服务机构。计算机网络和生物信息中心的出现,大大推动了生物信息学的革命。
浏览器的出现为生物信息资源的开发和应用提供了有效的方法。本章将对浏览器作简单
介绍。此外,本章还将介绍常用数据库查询软件,介绍一些重要的生物信息中心的网址

2.2 什麽是万维网
万维网是一个全球性的计算机网络,连接着政府机构、科研院校以及公司企业。万维网
通过通信协议传递信息,即传输控制协议/网际协议(Transmission Control Protocol/
Internet Protocol,简称TCP/IP)。这一协议使不同类型的计算机能以一个共同的方式
进行数据交流。
网络中的一台计算机称作一个节点,节点和节点之间通过传输数据包(packets)进行通信
。与传统的电话、传真等通讯方式不同,数据包可能并不直接从一台计算机传到另一台
计算机,而是通过路由器经若干节点到达最后的目标计算机。网络协议用来控制和协调
数据的有效传输。数据包传输过程中,如果该通路上的某个节点出了故障,则可饶过该
节点而通过别的路径传输。
2.3 什么是IP地址
如同每台电话机有一个电话号码一样,互联网上的每一台计算机都有一个“号码”,即
IP地址。IP地址是一个由四个字段组成的数字串,中间用小数点分隔。每个字段的数字
值在0~255之间,如202.112.7.13就是一个IP地址。
使用IP地址便于计算机之间的互相识别,但却不便记忆,也容易搞错。为此,TCP/IP协
议制定了域名(domain name)系统。域名系统由若干字段组成,每个字段通常由字母和数
字组成(包括连字符“-”和下划线“_”)。其顺序依次是:计算机名、计算机所处位置
、域名或子域名。例如,上述IP地址202.112.7.13的域名为:www.pku.edu.cn。其含义
为,计算机名为WWW,位于北京大学(Peking University,PKU),北京大学校园网属中国
教育系统网络一部分,域名为edu.cn。表2.1列举了一些互联网域名和子域名。
表2.1A  部分国家互联网域名一览表
国家
 Country
 域名
 国家
 Country
 域名
澳大利亚
 Australia
 au
 中国
 China
 cn
丹麦
 Denmark
 dk
 芬兰
 Finland
 fi
法国
 France
 fr
 德国
 Germany
 de
希腊
 Greece
 gr
 匈牙利
 Hungary
 hu
爱尔兰
 Ireland
 ie
 以色列
 Israel
 il
意大利
 Italy
 it
 日本
 Japan
 jp
荷兰
 Netherlands
 nl
 新西兰
 New Zealand
 nz
波兰
 Poland
 pl
 葡萄牙
 Portugal
 pt
南非
 South Africa
 za
 西班牙
 Spain
 es
瑞典
 Sweden
 se
 瑞士
 Switzerland
 ch
英国
 United Kingdom
 uk
 美国
 USA
 us
表2.1B  重要互联网域名
机构
 Organisation
 域名
学校
 Educational
 edu
公司企业
 Commercial
 com
政府机构
 Governmental
 gov
军事机构
 Military
 mil
学术机构
 Academic
 ac
公司企业
 Company
 co
其它组织
 Other organisation
 org
 General
 gen
2.4 互联网上的实用工具
互联网提供的通讯工具包括电子邮件(email)、新闻组(news group)、文件传输(file
 transmission)和远程计算(telecomputing)等。电子邮件是互联网上最常用的工具之一
,主要用于个人与人之间的信息交流。新闻组则是对某一问题感兴趣的一组网络用户之
间的集体讨论,可以在一个新闻组中发表各自己的意见。通过文件传输协议(File Tra
nsmission Protocol简称FTP)可以在两台计算机之间传输文件,通过Telnet协议可以登
录到远程计算机上。
大多数互联网允许进行实时通讯,如UNIX 系统的"talk"程序、VMS系统的"phone"??程
序,均可用作网络交谈工具。用户通过在屏幕上键入字符进行“交谈”。网络交谈的进
一步发展便是网上会议,即若干用户将各自交谈内容键入到屏幕上某个窗口中,实现虚
拟网络会议。WebBoard、BioMoo和MultiUser Dungeon就是这类网络交谈程序。网络交谈
也称网络“沙龙”,就象咖啡屋一样,一边喝咖啡一边进行学术讨论。不过,网络速度
技术尚未十分成熟,同时由于传输速度的限制,实际使用时还不很方便,还不象咖啡屋
那样自在。
2.5 什麽是万维网
万维网即World Wide Web,简称为Web、WWW或W3,由欧洲核子物理研究所(CERN)提出
并开发,最早用于分布于全球的高能物理研究机构之间的信息共享,其宗旨在于快速、
高效地找到处于世界各地计算机系统上的数据和应用程序。万维网的迅速发展,对生物
信息领域具有深远的影响。今天,万维网已成为互联网上最先进的信息交流工具。它是
一个基于超媒体的信息系统,其发展之迅速,功能之强大,已经成了互联网的同义词。
在万维网W3协会主页上,它被描述为“信息网络的世界,人类知识的源泉”。尽管这种
说法有点夸张,但万维网的出现,的确开辟了全球信息共享的新纪元。
2.6 网络浏览器
网络浏览器(network browser)的出现,使互联网的巨大潜力得以有效发挥,使信息获取
变得十分方便。浏览器在客户端(client)与服务器(server)之间进行通信时,使用了一
套标准的协议。浏览器与服务器之间进行通信的第一个页面称为主页(home page)。默认
的主页由特定的浏览器设定,通常指向该浏览器开发商的网址。用户可以改变默认主页
,指向更有用的、经常访问的站点,或指向用户自己的主页。浏览器为用户提供了一个
易于使用的界面,并把文档检索、文件访问、数据库搜索等操作集成在一起。下面,我
们简单介绍最常用的浏览器。
2.6.1 Lynx
Lynx是由堪萨斯州立大学学术计算服务机构开发的,作为构建校园信息系统的一部分。
Lynx运行于UNIX或VMS 操作系统。它基于纯文本界面,可使用字符型终端,如普通的VT
100终端,或相应的仿真终端。它在互联网早期使用较为广泛。虽然文本模式浏览器的界
面不象图形方式浏览器那样漂亮,但在网络传输速度较低时,Lynx比图形浏览器更加有
效。
2.6.2 Mosaic
Mosaic由伊利诺斯大学国家超级计算中心于1993年开发,是一个基于窗口系统的超媒体
浏览器,可用于UNIX系统的X-Windows、苹果公司的MacIntosh和微软公司的Windows。它
具有单一的、友好的用户界面,为互联网上不同的协议、数据格式和信息资源提供服务
。由于以上特点,Mosaic出现不久,就迅速在互联网上流行,并风靡一时。然而,万维
网界面工具的开发以惊人的速度增长,新的浏览器很快诞生。Mosaic的垄断地位只维持
了很短一段时期。
2.6.3 Netscape Navigator
Netscape Navigator即网络导航器,于1994年由加利福尼亚州的Netscape Communicati
ons 公司开发。作为Mosaic的替代品,Netscape Navigator几乎是一夜之间便获得成功
,成为最为流行的浏览器。据估计,互联网上80%的用户使用Netscape Navigator浏览网
页。该浏览器集成了电子邮件、新闻组、音频和视频等许多功能,并能以动态、交互方
式创建页面。图2.1是Netscape Navigator浏览器显示的交互式生物信息学Web页面,说
明使用不同窗口来管理不同的文件,使用超链接与其它文本或图像链接,定制文本窗口
大小和颜色,以及是否隐藏图像等。
图2.1  Netscape Navigator浏览器Web页面
2.6.4 Internet Explorer
Internet Explorer即网络探索器,于1995年由微软公司开发。它以Mosaic为基础,适用
于PC机。它具有其它浏览器的各种功能,包括支持多窗口??、Java和ActiveX等。最初
是专为windows95/NT平台开发的,新版本已能在UNIX系统中的Sun机上运行。
2.7 HTTP、HTML和URL
浏览器所显示的文档采用超文本(HyperText)和超媒体(Hyper Media)技术,使得Web浏览
和发布极其容易。超文本文档包含内置链接,也称为超链接(Hyper Link)。它是文档中
呈高亮状态的字符,或以特殊颜色、下划线标记。用鼠标点击超链接,则可调用一个新
文档。该文档可以在同一台服务器上,也可以在另一台服务器上,不受地理位置的限制
。超链接之间的通信是透明的,Web服务器所使用的通信协议称为超文本传输协议(Hype
r Text Transmission Protocol,简称HTTP)。
超文本文档是用超文本标记语言(HyperText Markup Language,简称HTML)书写的。超
文本标记语言用标记符号对文本进行修饰。例如,用<B></B>修饰粗体,用<FONT></FON
T>修饰字体的大小和颜色,用<HR>插入水平线,用<IMG>引入图片等。大部分标记符号成
对出现,终止符以斜杠“/”结束,例如</B>。HTML语言简单易学。最有效的方法是查看
某个Web页面的“Page source”,搞清各种标记符号的特定效果。HTML文档以.html或.
htm作为文件扩展名,如index.html。图2.2列出了典型HTML页面的部分代码。
<TITLE> PREFACE </TITLE>
<BODY BGCOLOR="#FFFFCC" LINK="brown" VLINK="brown" ALINK="brown">
<FONT COLOR="#004F75" SIZE=+1><B>Preface</B></FONT>
<P>
<FONT COLOR="#FF0000"><B>Welcome</B></FONT> to our Bioinformatics Web practi
cal.
<P>
This is an <I>interactive</I> exercise that aims to provide a taste of bioin
formatics resources around the world. We hope to give a flavour of sequence 
analysis, by introducing a range of widely-used analysis tools and databases
.
<P>
In this tutorial, brief instructions are given in the headers; their highlig
hted phrases control the contents of the left- and right- hand frames. Frame
 contents may be refreshed at any time using the left-hand <A HREF="http://w
ww.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/jj/refresh.gif">menu</A> <IMG SRC="http:/
/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/genesrus/ball1.gif">.
Commentaries in the right-hand frames provide more detailed information than
 the header instructions -
<FONT COLOR="red"><B>please</B></FONT> read these carefully. For further inf
o, use: <BR>
<CENTER>
<IMG HEIGHT=18 SRC="http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/jj/light1.gif
">
</CENTER>
图2.2  HTML文档实例
图2.2是一个HTML文档,说明如何用标记语言进行文本居中,图像插入等操作。该HTML文
档可以生成Web页面的源代码。HTML文档通过唯一的地址来进行访问,该地址叫做统一资
源定位符(Uniform Resource Locators,简称URL)。URL包括几部分,依次是通信协议
、Web服务器地址、文件存放的路径,或者一个文件名。例如:
 http://www.biochem.ucl.uk/bsm/dbbrowser/jj/prefacefrm.html
这个URL地址指定通信协议为HTTP,Web服务器位于伦敦大学的生物化学系,并给出了指
向超文本文档 prefacefrm.html的路径。
2.8 欧洲分子生物学网络组织
早在网络浏览器普及之前,世界各国的有识之士就意识到互联网在全球通讯和信息资源
利用中的潜在作用。八十年代中期,生物数据库开始快速增长,生物数据库的作用日趋
重要。用户对使用方便、更新及时的数据哭需求不断增长。
1988年,欧洲分子生物学网络组织(European Molecular Biology Network,简称EMBne
t)成立,它把欧洲各国生物信息中心组织在一起,实现信息共享,为各国分子生物学实
验室提供服务和进行培训。EMBnet对于生物信息资源的利用和计算生物学的发展,起到
了非常重要的作用。有了EMBnet这样一个为本国乃至本地区服务机构,各研究单位不必
耗费大量的人力物力,建立各自的数据库和软件系统。
截止1998年,EMBnet拥有34个节点(表2.2),其中26个是国家节点。这些国家节点由政府
机构指定,其主要任务是为本国用户提供服务,包括数据库、软件等,如序列分析、蛋
白质模建、基因作图等,同时提供用户支持和培训以及研究开发的任务。序列查询系统
(Sequence Retrieval System,简称SRS)就是EMBnet组织开发的。另外的八个EMBnet节
点是专业节点,包括了那些与生物信息学相关的学术、产业或研究中心。他们对生物学
数据库和相关软件的维护起了很大作用,这些站点中欧洲生物信息学研究所(European
 Molecular Bioinformatics Institute,简称 EBI)负责维护EMBL核酸数据库,国际遗
传工程和生物技术中心(International Centre for Genetic Engineering and Biotec
hnology,简称ICGEB)负责维护结构域数据库SBASE,等等。
图2.3 欧洲分子生物学网络(EMBnet)组织
EMBnet所属各生物信息学和基因组中心。截止1998年,EMBnet共有26个国家节点,8个专
业节点。
EMBnet国家级节点主要为本国提供生物信息资源和生物计算服务。而专业节点则为欧洲
各国乃至全世界提供特殊的生物信息资源服务。下面我们介绍位于英国剑桥南部Hinxto
n Hall的三个专业节点。
表2.2 欧洲和美国的生物信息学中心
  EMBnet国家节点
名称
 国家
 网址
IBBM
 阿根廷
 http://sol.biol.unlp.edu.ar/
ANGIS
 澳大利亚
 http://www.angis.su.oz.au/
Vienna Biocenter
 奥地利
 http://www.at.embnet.org/
BEN
 比利时
 http://www.be.embnet.org/
CBI
 中国
 http://www.cbi.pku.edu.cn/
CIGB
 古巴
 http://bio.cigb.edu.cu/
BioBase
 丹麦
 http://biobase.dk/
CSC
 芬兰
 http://www.fi.embnet.org/
INFOBIOGEN
 法国
 http://www.infobiogen.fr/
GENIUSnet
 德国
 http://genome.dkfz-heidelberg.de/biounit/
IMBB
 希腊
 http://www.imbb.forth.gr/
HEN
 匈牙利
 http://www.hu.embnet.org/
CDFD
 印度
 HTTP://www.in.embent.org/
INCBI
 爱尔兰
 http://acer.gen.tcd.ie/
INN
 以色列
 http://dapsas.weizmann.ac.il/bcd/inn.html
IEN-ADR
 意大利
 http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/Bio-WWW.htm
CAOS/CAMM
 荷兰
 http://www.caos.kun.nl/
Bio
 挪威
 http://www.no.embnet.org/
IBB
 波兰
 http://www.ibb.waw.pl/
PEN
 葡萄牙
 http://www.pen.gulbenkian.pt/
GeneBee
 俄罗斯
 http://www.genebee.msu.su/
HGMP-RC
 英国
 http://www.hgmp.mrc.ac.uk/
SANBI
 南非
 http://www.sanbi.ac.za/
CNB-CSIC
 西班牙
 http://wwv.es.embnet.org/
BMC
 瑞典
 http://www.embnet.se/
SIB
 瑞士
 http://www.ch.embnet.org/
  EMBnet 专业节点
名称
 国家
 网址
EBI
 英国
 http://www.ebi.ac.uk/
Sanger
 英国
 http://www.sanger.ac.uk/
UCL
 英国
 http://www.hiochem.ucLac.uk/bsm/dbbrowser/embnet/
ICGEB
 意大利
 http://www.icgeb.trieste.it/
ETI
 荷兰
 http:// ??
MIPS
 德国
 http://www.mips.biochem.mpg.de/
Pharmacia Upjohn
 瑞典
 http://www.pnu.com/
F.Hoffmann-La Roche
 瑞士
 http://www.roche.com/
  美国生物信息中心
名称
 国家
 网址
NCBI
 美国
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
NLM
 美国
 http://www.nlm.nih.gov/
NIH
 美国
 http://wwv.nih.gov/
2.8.1 英国基因组研究中心
Hinxton是英国剑桥南部的一个小镇,是英国Wellcome Trust 基金会投资建立的基因组
研究中心所在地。英国测序中心、英国医学委员会人类基因组图谱计划资源中心和欧洲
生物信息学研究所三个研究机构就坐落在这一小镇上。
英国测序中心
英国测序中心(Sanger Centre)是一个基因组研究中心,成立于1992年,由Wellcome Tr
ust和英国医学研究委员会(Medical Research Council)共同建立,旨在研究和探索有关
基因组的知识。其主要任务是测定人类和若干模式生物的基因图谱和基因组序列。该中
心计划投资5千万英磅,于2002年前完成人类基因组30亿个碱基对中六分之一序列的测定
。作为人类基因组计划的先驱,该中心与美国St Louis华盛顿大学基因组测序中心合作
,已完成对模式生物线虫的测序(??碱基对),并对啤酒酵母??Schizosaccharomyces 
pombe以及肺炎球菌??(tuberculosis )等人类病原体进行测序。
英国人类基因组图谱资源中心
英国医学委员会人类基因组图谱计划资源中心(UK MRC Human Genome Mapping Project
 Resource Centre,简称HGMP-RC)是由英国医学研究委员会创建的。该中心主要为人类
基因组和小鼠基因组计划提供实验材料和技术服务,也为英国生物学工作者提供联机计
算、用户支持及培训等生物信息服务。具体来说,就是为医学研究机构提供数据和相关
服务,并通过培训为基因组研究提供服务。HGMP原为EMBNet专业节点。1999年,原英国
EMBnet国家级节点SEQNET与HGMP合并,HGMP成为国家节点。
欧洲分子生物信息学研究所
欧洲分子生物信息学研究所(Emmert et al., 1994),是欧洲分子生物学实验室所属的一
个机构, 建于1994年。欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laborat
ory,简称EMBL)是一个由欧盟资助的国际性研究机构,总部设在德国的海得堡。欧洲分
子生物信息学研究所的主要任务之一是开发和维护EMBL核酸序列数据库。该数据库是最
基本的核酸序列数据资源。它与美国的GenBank、日本的DDBJ合作,为世界各国的研究工
作者提供核酸序列数据资源,并实现数据库的及时更新。该研究所还与瑞士的生物信息
学研究所合作,共同维护和发布SWISS-PROT蛋白质序列数据库。此外,该研究所还搜集
和发布30多个分子生物学二次数据库。
2.8.2 MIPS
位于德国??Martinsrie 的马普生物化学研究所(Max-Planck Institut fur Biochem
ie)的蛋白质序列研究组(MIPS)是国际蛋白质序列数据库PIR (Protin Identification
 Resource) 合作组成员之一,负责在欧洲范围内收集、发布和维护蛋白质序列数据。此
外,MIPS也提供同源蛋白质家族数据库的网址,以及用于蛋白质查询和数据库搜索软件
。MIPS在基因组研究中也起了重要作用,如在线虫基因组计划和拟南芥基因组计划中负
责信息协调作用。
2.8.3 UCL
伦敦大学University College (UCL)的生物分子结构和模建研究组是计算生物学研究中
心,是EMBnet专业节点。在蛋白质序列和结构分析方面,UCL作出了特殊贡献。他们开发
了蛋白质序列指纹数据库(PRINTS)、蛋白质结构注释数据库(PDBsum)以及蛋白质结构分
类数据库(CATH)等许多分子生物学数据库和实用工具。从UCL的FTP站点上可以下载各种
程序。例如,用于绘制蛋白质与配体相互作用示意图的程序,用于计算氢键和非共价键
相互作用的程序,用于分析蛋白质模体结构的程序,以及用于验证蛋白质结构立体化学
性质的程序。此外,UCL的Web服务器提供数据库查询、序列分析等工具,并通过他们开
发的DbBrowser (Michie et al., 1996)提供方便的服务。1999年起,???该服务器转
由英国Manchester大学来维护,。
2.8.4 序列搜索系统——SRS
EMBnet收集和整理了许多生物数据资源,但这些数据库没有统一的数据格式,难以有效
地进行查询。为此,EMBnet启动了一个研究计划,用于解决复杂的生物数据资源的利用
问题,并开发了序列查询系统(Sequence Retrieve System,简称SRS),通过网络浏览器
对分子生物学数据库进行查询(Etzold 和 Argos, 1993),包括核酸和蛋白质序列数据库
、蛋白质功能位点数据库、蛋白质家族数据库、蛋白质结构数据库、基因组数据库和文
献摘要数据库等200多个不同类型的分子生物信息数据库(图2.4)。SRS系统将不同类型的
数据库整合在一起,通过统一的用户界面进行数据库查询。SRS系统通过建立索引文件实
现数据库的快速查询。其主要特点,是不同数据库之间的连接,包括超文本链接和数据
库记录之间的??连接。SRS的另一个特点是允许用户将自己的数据库整合到该系统中,
并可与其它数据库之间实现连接。
图2.4  SRS系统中各数据库之间的关系
2.9 NCBI
以上我们介绍了欧洲分子生物信息学和计算生物学中心。在生物信息学领域中,美国国
家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,简称NCBI)
具有特殊的地位。NCBI创建于1988年,位于美国华盛顿北郊马里兰州的Bethesda美国国
家健康研究所(National Institutes of Health,简称NIH) 内,隶属于美国国家医学实
验室(National Library of Medicine,简称NLM)。NLM在维护生物医学数据库和开发计
算生物学软件方面作出了特殊的贡献。
NCBI的主要任务是应用最新的信息技术,从分子水平上研究与疾病相关的基因,搞清健
康与疾病的分子机理。具体来说,包括创建自动的信息存储和分析系统,开发先进的生
物信息处理方法,编写方便实用的数据库查询和分析软件,协调世界范围的生物信息资
源。
1992年起,DNA序列数据库GenBank 转由NCBI维护。其主要任务之一,是从科技文献或其
它渠道获取有关资料,对GenBank进行注释,并将这些数据与国际核酸数据库EMBL和DDB
J进行交换。
2.9.1 Entrez
NCBI开发了Entrez数据库查询系统,用于对GenBank等分子生物学和生物医学文献摘要(
Medline)等数据库的查询 (Schuler et al, 1996)。Entrez采用了自动列出相关记录的
方法,实现同一数据库中不同条目或不同数据库之间的有机联系。当用户以关键词查找
某个条目时,可以从查询结果所列出的条目中找到与其相关的其它条目,包括文献摘要
、基因组和染色体图谱、数据核酸和蛋白质序列数据库、蛋白质结构数据库等,使用十
分方便。与SRS不同,Entrez是一个封闭的数据库系统,无法由用户添加自己的数据库。

SRS和Entrez等查询系统为生物信息资源的利用提供了极为有效的工具。它们把各种类型
的数据库集成在一起,提供统一的界面和查询方法,利用计算机网络,实现信息共享。

2.10 网络导游
近年来,随着计算机网络的迅速普及,商业、文化、娱乐等网络用户的数量激增,尽管
网络传输通道不断加宽,网络传输速度却依然不断下降。开发网络导游工具,以便更加
有效地利用网络资源,是解决以上问题的途径之一。
网络导游,这是一个非常便利的工具,可以允许从世界任何一个地方来对信息进行搜索
。可以提供的信息类型是无穷无尽的,从商业领域,当前事件,教育,娱乐,金融,购
物,运动到旅游等等方面。通过不同的搜索引擎和通过点击就可以连接的地图等就可以
实现对全球各个角落的浏览和访问。
虚拟导游(The Virtual Tourist)站点提供了网络导游工具,通过这些工具可以获得世界
上有关地理目录的WWW服务器的位置。在这里,从通过点击所连接到的世界、国家和各州
的地图上就可以展示相关的信息。例如,要想链接到位于澳大利亚的计算生物学中心,
浏览者只要简单地点击世界地图上的澳大利亚大陆,就可以链接到澳大利亚和太平洋地
图上,再点击该大陆的位置就出现了一张有国家万维网站点的交互式的地图。再选择新
南威尔士就出现该地区的版图,点击悉尼,列出悉尼所有万维网络服务器目录。在这个
目录中,浏览者可以发现有关大学的列表,在此列表中点击悉尼大学,就会发现澳大利
亚国家基因组信息中心(ANGIS),即澳大利亚的EMBnet国家级节点(图2.5)。
图2.5 虚拟浏览澳大利亚
通过点击浏览网页上世界、大陆和州的地图,以及网络服务器目录,就可以找到澳大利
亚国家基因信息服务中心ANGIS
除了有关国家、州和地区的信息,虚拟浏者还提供有关于城市的信息。即网络可以提供
全球的浏览信息。
如此便利的浏览工具所带来的是许多组织和个人被吸引到网络上来,他们迎接着信息和
网络时代的到来。但是,随之也出现了两个特殊的问题:(i)当随着上网浏览人数的增加
,就会遇到网络的高峰期,带来的结果是网络通信减慢,有时甚至完全停止; (ii) 另一
个非常严重的问题是,网络上带有不健康色彩的信息,这些信息将使学校的学生在享受
网络所带来的便利同时,将给学生带来危害。
进入九十年代后期,对网络的管理还没有很健全的法规。但这种情况不会持续太久,我
们最终会看到这些相关法规的出台。由于私人网络用户的增加,一些主要的控制形式要
建立起来,既需要政府增加投资来增加带宽,同时也需要网络用户的支持。
2.ll 本章总结
2         互联网是一个全球性的计算机网络。每一台连接在网络上的计算机有一个唯
一的地址,以便能够与网络上其它计算机通信。
2         网络上提供了许多服务,包括电子邮件、新闻组、文件传输和远程计算等。

2         万维网是网络上最先进的信息系统,已经成了网络的代名词。
2         浏览器是访问网络信息的工具。常用浏览器有Netscape Navigator和Intern
et Explorer。
2         EMBnet是以欧洲国家为主的生物信息学网络共享组织,包括34个生物信息学
和基因组研究中心。
2         欧洲有一些著名的生物信息学中心,承担生物学数据库维护和提供计算生物
学方面的服务。最重要的有英国测序中心、英国人类基因组图谱资源中心、欧洲生物信
息学研究所、MIPS 和 UCL。美国最著名的生物信息中心是国家生物技术信息中心NCBI。

2.12 参考文献
互联网
SWINDELL, S.R, MILLER, R.R. and MEYERS, G.S.A (eds) (1996) Internet for the 
Molecular Biologist. Horizon Scientific Press.
信息查询工具
ETZOLD, T. and ARGOS, P. (1993) SRS an indexing and retrieval tool for flat 
file data libraries. Computer Applications in the Biosciences, 9, 49-57.
SCHULER,G.D., EPSTEIN, J.A., OHKAWA, H. and KANS, J.A. (1996) Entrez: molecu
lar biology database and retrieval system. Methods in Enzymology, 266, 141-1
62.
生物信息学WWW 服务器
APPEL, R.D., BAIROCH, A. and HOCHSTRASSER, D.E (1994) A new generation infor
mation-retrieval tools for biologists - the example of the ExPASy WWW server
. TiBS, 19(6), 258-260.
MICHIE, A.D., JONES, M.L. and ATTWOOD, T.K. (1996) DbBrowser: integrated acc
ess to databases woridwide. TiBS, 21(5), 191.
生物信息资源中心
EMMERT, D.B., STOEHR, P.J., STOESSER, G. and CAMERON, G.N (1994) The Europea
n Bioinformatics Institute (EBI). Nucleic Acids Research, 22(17),3445-3449.
2.13 有关网址
下面是国际上生物信息资源的主要网址。
WWW               http://www.w3.org/
CERN               http://www.cern.ch./
Lynx               http://lynx.browser.org/
ACS               http://www.ukans.edu/~acs/
Mosaic               http://www.ncsa.uiuc.edu/SDG/Software/Mosaic/NCSA/
              MosaicHome.html
NCSA               http://www.ncsa.uiuc.edu/ncsa.html
Netscape               http://www.netscape.com/
EMBnet               http://www.embnet.org/
Hinxton Hall               http://www.ebi.ac.uk/hinxton/hinxton.html
Sanger Centre               http://www.sanger.ac.uk/Info/
HGMP-RC               http://www.hgmp.mrc.ac.uk/HGMP.html
EBI               http://www.ebi.ac.uk/ebi_home.html
EMBL               http://www.embl-heidelberg.de/
ExPASy               http://expasy.hcuge.ch/
MIPS               http://www.mips.biochem.mpg.de/
UCL               http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/
SRS               http://srs.ebi.ac.uk/
NCBI               http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Entrez               http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/
Virtual Tourist               http://www.vtourist.com/webmap/
ANGIS               http://www.angis.su.oz.au/
City.Net               http://www.city.net/

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<<社会契约论>>是一本好书,应当多读几遍
风味的肘子味道不错,我还想再吃它      

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